确定洁净区各洁净室的压差
按照《洁净规范》6.2.l条和6.2.2 条的要求，10000级洁净室标准，洁净室与周围的空间必须维持一定的压差，并应按生产工艺要求决定维持正压差或负压差。不同等级的洁净室以及洁净区与非洁净区之间的压差，应不小于5 帕，洁净区与室外的压差，应不小于10帕。
同一洁净区各洁净室的压差
在实际工程中，确定同一洁净区各洁净室的压差，洁净室，可以把每个洁净室的压力与洁净区走廊相比较， 以洁净区走廊压力值为基准。因为洁净区走廊贯穿每一个洁净室，每个洁净室与洁净区走廊的压差确定了，洁净室之间的压差也就确定了。所有洁净室的压力值都以洁净区走廊压力值为基准，互相间的压差值就不会混乱。如固体制剂车间，可以确定洁净区走廊正压值为18帕（洁净区室外为0帕）；粉碎间、称量间散尘严重，一般通过前室与洁净区走廊相连，为避免房间内含尘量较大的气流通过走廊扩散到其它房间，可以确定粉碎间、称量间正压值为12帕，前室正压值为15帕。这样，粉碎间、称量间相对于前室为负压，前室相对于洁净区走廊为负压。气流从洁净区走廊流向前室，从前室流向粉碎间、称量间。净干器具存放间用于存放洗净、烘干的器具，为避免污染，1000级洁净室，可确定该房间正压值为21帕，以避免走廊气流流入该房间。
不同等级洁净区之间的压差
温度和湿度的变化能够引起生产设备的误差，从而影响生产过程的可重复性，终导致产品合格率降低、增加浪费。因此，洁净室对温度严格控制要求是显而易见的，这项花费是必须的。
通常情况下，洁净室等级，要求工程师在设计时降低施工费用，同时要求在很大区域内对温度进行确切的控制，允许的温度变化范围在±4到6华氏度之间(例如使用卷帘门的仓库)。在没有硬墙和气闸装置时，这将是十分苛刻的要求，并且实际上无法控制湿度的变化。人们通常认为洁净室外的洁净度、温度、湿度和气压等项目的层叠性是非常容易达到的，并且很容易维持，但需要仔细的评估这些项目的误差范围。
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